YEPAF Araştırma Grubu bünyesinde yer alan yetkin akademik ve teknik kadro, Yüksek Enerji Fiziği, Parçacık Fiziği, Parçacık Algıçları, Parçacık Hızlandırıcıları ve benzeri konularda Ar-Ge çalışmaları yürütmektedir.
YEPAF Ar-Ge çalışmaları için oluşturulmuş olan laboratuvar alt yapısı, hali hazırda yürütülen çeşitli dış kaynaklı (TÜBİTAK, TENMAK, TÜSEB) araştırma projeleri ve uluslararası işbirlikleri çerçevesinde gerçekleştirilen ileri fizik araştırmaları doktora öğrencilerinin kazanacakları yetkinlikler için de büyük bir imkan yaratmaktadır.
İstinye Üniversitesi, Avrupa Parçacık Fiziği Laboratuvarı CERN’de yürütülen dört (ATLAS, CAST, DRD1, FCC), Çin Bilimler Akademisi Yüksek Enerji Fiziği Enstitüsünde yürütülen bir (BESIII) ve ABD Brookhaven Ulusal laboratuvarında tasarlanan bir (sr-EDM) deneysel işbirliği ile CosmicWISPers adlı COST aksiyonuna dahildir.
. 
K-Modülasyonu Yöntemiyle Parçacık Hızlandırıcısı Demet Hattındaki Ortalama Manyetik Alanın Ölçümü / TÜBİTAK (1001)
Aktif Zırhlamalı Gama Sondası Geliştirilmesi / TÜBİTAK (1005)
Lityum Tetraborate Nanoparçacık Katkılı Plastik Parıldak Üretimi ve Karakterizasyonu / TÜBİTAK (1005)
Geniş Alanlarda Toprak Nem Miktarını Ölçen Yeni Bir Kozmik Işın Nötron Sensörü Üretimi / TÜBİTAK (1512)
Gaz Tipli Parçacık Algıçlarında Kullanılan Gazlar İçin Ekolojik İyileştirme / TÜBİTAK (1002)
Sayım ve emisyon yönü algılama fonksiyonlarının entegrasyonuyla yeni nesil hibrit gama sondası geliştirilmesi / TÜSEB (B)
CERN-ATLAS Deneyinde Veri Alımı, Veri Analizi ve Algıç Sistemlerinin İşletim, Bakım ve Yükseltme Çalışmaları / TENMAK (CERN)
Sanal Fizik Dersi Laboratuvarı Uygulamaları (Anadolu Ü.) / Erasmus+ KA220-SCH
Cosmic WISPers in the Dark Universe (Bari Ü., Italya) / COST Action CA21106
Kozmik Nötron Tespiti için Sintilasyon Tozları ve Optik Ortamların Potansiyelinin Araştırılması (Yıldız Teknik Ü.) / TÜBİTAK (1001)
Gadolinyum Katkılı Su Çerenkov Dedektörü ile Nötron Etkileşim Modelinin Geliştirilmesi (Erciyes Ü.) / TÜBİTAK (1001)
Parçacık Hızlandırıcı ve Algıçlarında Özel Parıldak Üretimi (Boğaziçi Ü.) / TÜBİTAK (1005)
CERN’deki CMS Deneyi’nde Jet Fiziği Analizleri ve HCAL- HGCAL Dedektör Ar-Ge Çalışmaları (Yıldız Teknik Ü.) / TENMAK (CERN)